刚毕业的女大学生宋暖暖在找工作屡屡碰壁后，误入一条从未见过的巷子，巷尾有一家名叫“洞洞”的杂货店。店主是戴着圆框眼镜的少年阿树，店里摆满能实现微小愿望的旧物：一枚硬币能换回丢失的勇气、一片羽毛能让人梦见最思念的人。宋暖暖留下来做兼职，在帮助形形色色顾客的同时，也发现阿树与杂货店之间“一年只能开张一个月”的秘密。她必须在这一个月内，用真心修补店铺与人间的联系。
最后一天深夜，阿树告诉宋暖暖他其实是店灵，店铺需要收集足够“满足的眼泪”才能延续，宋暖暖用自己找到第一份工作的喜悦泪滴，保住了杂货店。
一位失忆老兵买走一枚纽扣，回家后想起战场上的战友名字，第二天他带着家人来店门口鞠躬。
小男孩偷了愿望硬币想许愿父母复合，宋暖暖追回硬币，却帮他给父母分别寄去和解信。
失眠的画家买走羽毛，当晚梦见去世的母亲，醒来画出有生以来最温暖的作品，送给宋暖暖作为感谢。
宋暖暖发现店里账本全是空白，阿树说“这里不收钱，只收故事”，第一位顾客用一段童年往事换走一颗玻璃珠。
宋暖暖因面试失败蹲在街角哭，抬头看见巷口亮着暖黄灯光，走进去，阿树正在整理货架，说“欢迎光临洞洞杂货店”。